У Скотта наблюдалось множество физических и генетических изменений, которые не были зафиксированы у его брата Марка Келли. Например, во время работы на МКС Скотт потерял около 7% массы тела, Марк же, напротив, набрал 4%. Артериальное давление Скотта Келли в космосе снизилось, но из-за нагрузки стенки сосудов стали толще (подобные изменения характерны для атеросклероза). На Земле утолщение стенок сосудов связано с высоким давлением и повышенным риском сердечно-сосудистых заболеваний.
По возвращении на Землю у Скота, как и у многих космонавтов, возникли проблемы со зрением — учёные предполагают, что всему виной изменение давления в глазных сосудах в условиях гравитации. Во время космического полёта Скотт испытывал более сильный стресс, чем его брат на Земле: концентрация стрессовых (провоспалительных) маркеров в крови Скотта была выше. Однако общая активность иммунной системы оказалось примерно одинаковой. Во время пребывания на орбите у Скотта примерно на 14,5% выросла средняя длина теломеров — маркеров старения организма.
Большинство изменений, возникших во время космического полёта, исчезли после возвращения на Землю: гены начали работать так же, как и прежде, зрение пришло в норму, теломеры укоротились, давление стабилизировалось. Тем не менее долгосрочные последствия пребывания в космосе всё ещё остаются неизвестными, и перед отправкой первых людей на Марс исследователям NASA предстоит провести ещё более масштабные эксперименты, чтобы выявить — насколько это в принципе возможно — все риски.