В медицине активированный уголь чаще всего применяют при острых пероральных отравлениях (то есть отравлениях через рот). Пока яд не покинул желудок и кишечник, активированный уголь весьма эффективен для удаления многих токсических веществ. Для промывания желудка и наполнения кишечника при остром отравлении препарат выпускается в виде жидкой суспензии в крупной фасовке по 500 и более миллилитров. Такая форма используется преимущественно в больницах. В большинстве случаев, если яд успел всосаться или отравление произошло через кожу или дыхательные пути, уголь неэффективен. Исключение составляют некоторые вещества (например морфин), которые выделяются с желчью в просвет кишки и таким образом повторно попадают в кишечник, где уже могут быть нейтрализованы углём.
Активированный уголь хорошо связывает и выводит соли тяжёлых металлов, снотворные и наркотические препараты, многие антибиотики и нестероидные противовоспалительные средства, сердечные гликозиды и алкалоиды. При этом установлено, что уголь малоэффективен для адсорбции кислот, щелочей и алкоголя.
Так же, как и любое закрепляющее средство, уголь противопоказан при кишечной непроходимости любого происхождения. А при язвенном колите он может провоцировать токсическую дилатацию (расширение) толстой кишки — одно из самых опасных осложнений язвенного колита. Но так как уголь не всасывается и полностью выводится из организма, при беременности и грудном вскармливании он абсолютно безопасен.